Messi thường được so sánh với người đồng hương Diego Maradona do sự tương đồng về lối chơi và vóc dáng giữa 2 người. Chiều cao khiêm tốn giúp cho anh có trọng tâm thấp hơn so với nhiều cầu thủ, dễ dàng xoay trở, đổi hướng và tránh được những pha vào bóng của đối phương. Đôi chân ngắn nhưng mạnh mẽ giúp Messi dễ dàng tăng tốc và sải chân nhanh giúp anh kiểm soát bóng tốt khi rê dắt ở tốc độ cao. Cựu huấn luyện viên Barcelona, Pep Guardiola, từng nhận xét rằng: "Messi là cầu thủ duy nhất chạy với bóng còn nhanh hơn là chạy không bóng." Giống Maradona, Messi là một cầu thủ thuận chân trái. Anh thường sử dụng má ngoài chân trái khi giữ bóng, trong khi dùng má trong để dứt điểm, chuyền bóng và kiến tạo cho đồng đội. Cùng với tiền đạo người Bồ Đào Nha Cristiano Ronaldo, Messi được đánh giá là một trong hai cầu thủ xuất sắc nhất thế giới ở thế hệ của anh, và là một trong những cầu thủ xuất sắc nhất mọi thời đại.
Là một cầu thủ có kĩ thuật tốt, Messi thường thực hiện những cú dẫn bóng cá nhân từ giữa sân hoặc bên cánh phải hướng thẳng về phía khung thành đội bạn, đặc biệt là trong các pha phản công của Barça. Mặc dù vậy anh cũng là một cầu thủ thi đấu khá đồng đội, với nhãn quan tốt, những đường chuyền và phối hợp sáng tạo, nhất là với những người đồng đội Xavi và Iniesta. Ngoài ra anh còn một chân sút phạt chính và hay đảm nhận các quả phạt đền của đội. Khi đề cập đến kĩ năng dắt bóng của anh, Maradona đã từng nói: "Trái bóng dính chặt vào chân anh ấy; Trong sự nghiệp của mình tôi đã xem nhiều cầu thủ xuất chúng chơi bóng nhưng không ai giữ bóng tốt như Messi." Maradona còn cho biết rằng ông tin Messi là cầu thủ xuất sắc nhất thế giới hiện tại.
Về mặt chiến thuật, Messi được bố trí đá tự do trên hàng công và thỉnh thoảng đóng vai trò điều tiết trận đấu. Nhờ khả năng dứt điểm, nhanh nhạy, dắt bóng, giữ thăng bằng, chọn vị trí, quan sát và chuyền bóng của mình, anh có thể thoải mái tấn công từ 2 bên cánh hoặc từ giữa sân. Khởi nghiệp ở vị trí tiền đạo cánh trái và tiền đạo, anh sau đó được đẩy sang đá ở vị trí tiền đạo cánh phải bởi huấn luyện viên Frank Rijkaard, người đã nhận ra rằng ở vị trí này, Messi có thể cắt bóng qua hàng phòng ngự vào trung lộ một cách dễ dàng và tung ra nhưng cú cứa lòng vào cầu môn bằng chân trái của mình, hơn là chỉ tạt bóng cho đồng đội. Dưới thời huấn luyện viên Guardiola, anh thi đấu nhiều với vai trò số 9 ảo. Ở vị trí này, Messi có vẻ thi đấu như một tiền đạo trung tâm, một trung phong, tuy vậy anh lại thường di chuyển lùi sâu để lôi kéo hàng phòng ngự của đối phương, tạo khoảng trống cho cặp tiền đạo cánh, các tiền đạo khác và tiền vệ công di chuyển, nhờ đó anh có thể kiến tạo cơ hội cho họ, có khoảng trống để rê dắt bóng, ghi bàn hoặc tổ chức tấn công. Trong máu áo Argentina, Messi thi đấu ở bất cứ đâu trên hàng công. Bắt đầu ở vị trí tiền đạo hoặc tiền đạo cánh nhưng cũng có thể ở các vị trí thấp hơn, như tiền vệ công và tiền vệ tổ chức dưới thời Maradona.